O Setor Financeiro realiza a gestão contábil, desde a coordenação e supervisão até a execução do orçamento da FEL. A tesouraria é exercida dentro do setor contábil, onde é feito o recebimento de taxas e guarda de valores. O Financeiro também é responsável por enviar todas as informações aos órgãos competentes, como Tribunal de Contas do Paraná e Auditoria do Município. O processo de análise da documentação fiscal de prestação de contas dos convênios firmados pela FEL também são feitos no setor, entre outras atribuições.